현행 통합투자세액공제제도의 대상에서 제외되어 있는 제약·바이오 산업의 의약품 품질관리 시설에 해당하는 토지 및 건물에 대해서는 세금감면 혜택을 주도록 하는 ‘조세특례제한법 일부개정법률안’ 19일 국회에 제출됐다.
최수진 의원(국민의힘)은 통합투자세액공제제도 대상에 건물 등의 자산이 포함되지 않아 세제 혜택이 축소되는 만큼, 의약품 품질관리 시설의 토지 및 건물에 대해서는 세제혜택을 주도록 법개정에 나섰다.
그동안 정부는 기업들의 투자를 촉진하고 경제를 활성화하기 위해 설비투자에 대한 세액공제를 운용하고 있으며, 2010년대 이후 연구인력개발(R&D)설비, 생산성향상시설, 안전설비, 에너지 절약시설 등 설비의 용도와 기업규모에 따라 세액공제율을 차등적으로 적용해왔다.
이와 같은 개별 자산·시설투자에 대한 세액공제제도는 2021년부터 ‘통합투자세액공제’로 통합돼 현재는 이를 일반 시설과 신성장·원천기술 사업화시설, 국가전략기술 사업화시설로 구분해 공제율에 차등을 두고 세액공제제도를 운용하고 있다. 하지만 현행 ‘조세특례제한법’ 및 동 법 시행령 시행규칙에 따르면 현재의 통합투자세액공제에서는 토지와 건축물 등 일부 자산에 대해서는 적용을 받을 수 없다. 2023년 8월 시행령 개정을 통해 바이오의약품 분야도 조세특례제한법상의 ‘국가전략기술’에 포함했으나 토지 및 건축물에 대한 투자금액에 대한 세액공제는 빠져있는 상황이다.
이로 인해 제약·바이오 산업의 경우 바이오․백신 분야의 경우 해당 분야의 특성상 초기 설비투자에 막대한 비용이 투입돼야 하지만, 토지 및 건축물에 대한 투자금액에는 세액공제를 적용받을 수 없는 문제가 발생하고 있다. 바이오 기업들의 경우 의약품 개발·생산 과정에서 특수한 시설이 많이 필요해 투자비용이 크고 건축물 자체에 각종 시설투자가 많이 들어가지만 현행법상 건축물은 공제 범위에서 제외되어 세제 혜택을 받지 못하고 있다.
이와 관련 국회입법조사처도 ‘바이오산업 활성화를 위한 통합투자세액공제 대상 확대 검토’자료를 통해 “의약품 품질관리 관련 시설은 신성장·원천기술 또는 국가전략기술 대상에서 제외돼, 해당 기술로 인정되기 위해서는 특정된 기술이 제시돼야 하고 추가적 세액공제 등을 통한 정책적 육성 필요성이 인정될 필요가 있다”고 밝혔다.
최수진 의원은 “국가 첨단산업 지원을 위해서는 제약·바이오 산업에 대한 정부의 지원확대가 필수적이며, 초기 설비투자와 건축물에 대한 막대한 비용부담을 덜어주기 위한 세재지원 정책이 필요하다”고 밝혔다.
안대규 기자 powerzanic@hankyung.com