이번 입법으로 우리 형사사법 체계는 근본적인 변화를 맞게 된다. 검사는 수사 개시권이 없어지고 기소와 공소 유지만 담당한다. 표적 수사 등 과거 일부 정치검찰의 잘못된 관행이 되살아날 가능성을 차단한 조치라고 민주당은 평가하고 있다. 검찰의 수사 기능을 대체할 중수청은 부패, 경제, 내란·외환 등 6개 범죄 수사를 맡는다. 경찰이나 공수처 등과 수사 대상이 겹칠 경우 중수청이 우선 수사할 수 있는 권한도 부여했다.
문제는 검사의 수사 관여 가능성을 완전히 없애야 한다는 민주당 내 강경파의 주장에 힘이 실리면서 수사기관 감시 관련 조항들이 다수 삭제된 것이다. 당초 안에는 주요 수사를 맡게 될 중수청이 수사 개시를 공소청에 통보하고, 필요한 경우 공소청이 입건 요청도 할 수 있다는 조항이 있었지만 결국 사라졌다. 수사관과 검사의 상호 의견 제시·협조 의무 조문도 통째로 삭제됐다.
검사의 특별사법경찰관리(특사경) 지휘·감독권이 폐지된 것에 대해서도 우려가 제기된다. 금융 노동 관세 등에서 특사경 업무를 하는 공무원들은 순환 보직이어서 경력 3년 미만이 82%에 달한다. 수사 전문성이 부족해 검사 지휘가 필요하다는 의견이 특사경 내부에서도 많다. 이런 상황에서 검사 지휘를 원천 차단하면 절차적 결함으로 사법 처리에 차질이 빚어질 수 있고, 기관장이나 지방자치단체장이 특사경 수사에 영향력을 행사할 가능성도 커진다.수사-기소를 분리하더라도 기관 간 협조와 견제가 이뤄지도록 설계하지 않으면 사건이 묻히거나 부실 기소로 이어져 국민들의 피해로 돌아온다. 공소청 검사의 보완수사권에 대해서도 여권 강경파들은 완전 폐지를 주장하지만 이번 법안 처리 과정에서 수사기관의 독주를 막을 장치가 사라져 오히려 필요성이 더 커진 측면도 있다. 추후 보완수사권 허용 여부를 결정할 형사소송법 개정 과정에선 수사 통제의 공백을 최소화한다는 대원칙 아래 충분한 숙의가 이뤄져야 한다.
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